Akademia to początkowy etap edukacji kandydatów na ninja. Do czasu jej ukończenia uczniowie nie są traktowani jak shinobi. Nauka rozpoczyna się w wieku dziewięciu lat i trwa cztery lata.
Wiedza wymagana na egzaminach końcowych (praktycznych i teoretycznych) obejmuje podstawowe umiejętności shinobi takie jak taijutsu, posługiwanie się bronią (kunai i shurikeny) oraz elementarne ninjutsu (różniące się w poszczególnych wioskach).
Ukończenie Akademii oznacza, że dany student staje się pełnoprawnym ninja na poziomie genina, otrzymując przy tym symbol pomyślnego zakończenia nauki podstawowej – ochraniacz na czoło z symbolem wioski.